ولد العلامة السيد محمد تقي الخوئي (قده) في التاسع من محرم الحرام سنة ١٣٧٨ هـ الموافق ٢٧/٧/١٩٥٨ م،في النجف الأشرف مدينة العلم والخير والعطاء، حيث مثوى باب علم النبي(ص) الامام علي بن أبي طالب(ع)، في أسرة شريفة من سلاة النبي الكريم(ص)، ذو تاريخ علمي وفقهي طويل، غنية عن التعريف فقد نشأ في بيت الده وعني بتربيته الامام السيد ابوالقاسم الموسوي الخوئي(قده)، الذي أراد لولده أن يكون علما بارزا من أعلام الامة الاسلامية، حيث ترسم فيه الطموح وحب الخير والعلم والفضيلة، فمنحه الكثير من عطفه ورعايته وإرشاداته، كما منحه في ما بعد الكثير من ثقته، وهو مدرسته الاولى. وورث من والده العظيم النباهة والسؤدد، كما غذّته والدته الطاهرة من إخلاصها وورعها، فاجتمعت له الخصال الحميدة التي صنعت منه مثال الطالب المهذب المجد، ثم الاستاذ والعالم المجتهد الورع، ومن بعد ذلك رائدا للخدمات الاجتماعية والثقافية والخيرية، في زمن صعب كثر فيه المتقاعسون عن خدمة الجامعة العلمية الدينية في النجف الاشرف، وقل فيه المخلصون للدين وخدمة الناس والوطن.
تلمذ الشهيد في مدارس النجف الاكاديمية، والتحق مبكرا بالحوزات العلمية الدينية، ونهل من المنبر الصافي في مدرسة " دار الحكمة " التي أنشئت بأمر المرجع الديني الراحل الامام الحكيم رضوان الله تعالى عليه، حيث توفرت فيها المكانة العلمية بوجود أساتذة بارعين، وأجواء التحصيل والدرس والتعلم، وتخرّج منها بتفوق ملتحقا بحلقات دروس السطوح في الحوزة، وتلمذ علي يد أساتذتها الافاضل، ومنهم سماحة المغفور له آية الله السيد عبد الصاحب الحكيم (قده) الذي خصه بوافر عنايته إذ وجد فيه الكفاءة والمواهب الخلاّقة، فانصقلت شخصيته العلمية توجيهاً وأداءً، حتى أكمل دروس المتون العليا، والتحق بحلقات بحوث والده في مسجد الخضراء، حيث كان الامام يلقي دروسه، فنهل من ذلك المنبع الفياض، وأخذ يدوّن محاضرات الوالد الاستاذ ويعرضها عليه ليبدي ملاحظاته عليها وسرعان ما عرف الطالب الجديد في تلك الاوساط، بجده واجتهاده، وتفوقه على أقرانه، وبمثابرته ودقته وتمحيصه في قبول الآراء أو ردّها، وظهرت قابلياته واشتهر صيته، حتى أصبح أستاذاً بارزاً يقصد مجلس درسه أعداد من أفاضل الطلبة للاستفادة منه، حيث بدء الشهيد بالقاء الدروس لطلاب مرحلة السطوح العليا في حوزة والده في مدرسة " دارالعلم ".
فجع الاسلام بابن بار، حيث فاضت روحه الطاهرة فجر يوم الجمعة ١٢ صفر ١٤١٥ هـ الموافق ٢٢ تموز (يوليو) ١٩٩٤م، ورقد الى جنب أبيه مجاورا امام المتقين على بن ابي طالب عليه السلام.
ولد الشهيد في ١٥ من شهر ربيع الأول ١٣٨٢هـ الموافق ١٦ من شهر اغسطس (آب) ١٩٦٢م في النجف الأشرف، ونشأ وترعرع في أحضان والده، وبدأ دراسته الدينية فيها سنة ١٣٩٥هـ، فقرأ العلوم الأدبية والمنطق وبعض المتون الفقهية عند المهرة من أساتذة هذه الحاضرة العلمية.
وبعد أن أكمل دراسة المقدمات واصل دراسته للسطوح العالية على يد أساتذة قديرين، منهم: السيد محمد رضا الخلخالي، والشيخ عبد الحسين آل صادق، وأخيه السيد محمد تقي الخوئي، والشيخ باقر الايرواني، وبعد أن أكمل دراسة السطوح العالية حضر بحث خارج والده الإمام الخوئي(ره) سنة ١٤٠٤هـ حتى زمان هجرته من النجف الأشرف.