إن المراكز الثقافية وحجم نشاطاتها في أي بلدة أو مدينة تمثل العنصر الأساسي لتقييمها الثقافي والحضاري، وتعتبر مدينة مشهد المقدسة رائدة في العالم الاسلامي من هذه الناحية بفضل وجود الإمام الرضا (ع)، حيث اهتم أصحاب العلم والحكمة بمجاورة هذه البقعة الطاهرة التي تضم رفات مولانا ابي الحسن الرضا(ع) وهكذا اصبحت موئلاً لطلاب العلم فأسست فيها المدارس ومراكز التعليم ولأسباب اقتضتها الضرورة والحاجة لتوسيع الحرم الطاهر أدت الى فقدان مجموعة كبيرة من هذه المراكز الثقافية حيث خلت أطراف المرقد المقدس من التعاطي الفكري والثقافي بسبب هذه التوسعة مما ادى ببعض أصحاب الفضيلة والعلم الى إبلاغ الإمام الخوئي (قدس سره) بهذا الموضوع طالبين منه إعادة الصرح الثقافي لهذه البقعة المشرفة فما كان منه (قدس سره) إلا المبادرة بانشاء مجمع علمي، ثقافي، إسلامي حيث تصدّى لتنفيذ هذه المبادرة صهره سماحة آية الله السيد جلال الدين فقيه ايماني (رحمه الله) فتأسست مدرسة الإمام الخوئي (قدس سره) لاجل تجسيد هذه الفكرة بعد شراء أرض تتجاوز مساحتها عشرة آلاف متر مربع بتاريخ ۱۳۹۸هـ حيث أصبحت مركزاً للاشعاع الفكري ودراسة العلوم الدينية ونظراً للموقع الهام لهذه المدرسة فقد تحولت الى مركز للدراسة الحوزوية استقطب الأساتذة والطلاب للتدريس و الدرس فيها وأصبح المبنى القديم محلاً لالقاء الدروس الحوزوية الى أن تم تشييد القسم الأول للمدرسة حيث شرع البناء فيه في عام ١٣٩٩هـ وبمدة قصيرة تم انجازه وتجهيزه -المبنى الجديد- للدرس والتدريس فانتقل الطلاب اليه بعد هدم المبنى القديم لأجل بنائه بمواصفات حديثة ويتواصل العمل بالبناء ويؤمل أن ينتهي بناؤه قبل بداية السنة القادمة ليكون القسم الثاني لمدرسة الإمام الخوئي (قدس سره).
يقدم للطلبة في هذه المدرسة وجبات الطعام يومياً، يحتوي القسم الأول للمبنى على (١٦٠) غرفه في ثلاث طبقات يستخدمها (۲۸۰) طالباً تقريباً للاستراحة والنوم وسيضاف (۲۰۰) غرفة بعد تهيئة القسم الثاني للمبنى ليصل عدد الطلاب الى (٦٠٠) طالب يمكنهم المبيت في هذه المدرسة.
تستقبل المدرسة يوميا أكثر من ألف زائر بينهم الاساتذة والطلاب والباحثون الاكاديميون الذين يقصدون المطالعة، حيث توجد في المدرسة قاعة لقراءة الصحف والمجلات بالاضافة الى وجود قاعة للكمبيوتر.
يحتوي هذا المجمع العلمي على مكتبة فخمه وقيمة تقع أسفل القبة بمساحة تبلغ ألفي متر مربع وتضم هذه المكتبة ٨٠ الف مجلد في مختلف العلوم الإسلامية والإنسانية إضافة الى عدد كبير من الكتب الحجرية القديمة وحوالي (٥٠٠) مخطوط ومجموعة من نسخ القرآن الكريم المطبوعة كما أن هناك بعض الآثار النفيسة التي تزين هذه المجموعة.
لقد أصبحت هذه المكتبة العامة بفضل مركزية هذا المجمع وما تضم من كتب قيمة محط أنظار رواد العلم والثقافة إذ بلغ عدد المراجعين يومياً اكثر من الف مراجع والداخل الى هذه المكتبة ينبهر أمام الجوّ الهاديء والإنارة الجميلة خاصة بعد افتتاح القاعة المفتوحة سنة ١٤٢١هـ إذ يمكن للمراجع أن يصل الى الكتاب الذي يحتاجه مباشرة وهكذا فقد اصبحت هذه المكتبة خير مكان للاساتذة والمحققين وطلاب العلم للاستفادة مما تحتويه هذه المكتبة القيمة.
وفي عام ١٤٢٠هـ بدأت الأمانة العامة لهذه المكتبة بتنظيم وتطوير المكتبة بانشاء قسم للكمبيوتر والانترنيت وقسم الأعمال السمعية والمرئية وغرفة المحققين معمل لتصحيف الكتب الخطية والقديمة وتقديم الخدمات للمطالعين وخاصة طلاب العلوم الدينية.
